Pada tahun 2002, Fakultas Perikanan resmi didirikan di Universitas Al-Amin Sorong sebagai bagian dari proses transformasi Sekolah Tinggi Ilmu Administrasi (STIA) Al-Amin Sorong menjadi universitas, yang disahkan melalui SK Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor 264/D/O/2002. Fakultas Perikanan memulai perjalanannya dengan Dua program studi, yaitu Yang terdiri dari Manajemen Sumberdaya Perairan dan Pengolahan Hasil Perikanan.

Pada tahun 2006, Universitas Al-Amin Sorong bertransformasi menjadi Universitas Al-Amin Muhammadiyah Sorong, sebagai hasil integrasi kelembagaan dengan Muhammadiyah, sesuai dengan SK Pimpinan Pusat Muhammadiyah Nomor 160/KEP/I.0/2006. Kemudian, pada tahun 2013, institusi ini resmi menjadi Universitas Muhammadiyah Sorong (UNAMIN) berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi, Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia, Nomor 568/E/O/2013. Perubahan ini menjadi tonggak penting dalam perkembangan pendidikan tinggi di Kota Sorong.